一般不主张患有卵巢囊肿时怀孕，最好将卵巢囊肿治愈后再准备怀孕，但是如果卵巢囊肿患者同房后不慎怀孕也不必慌张，需要对卵巢囊肿进行观测检查，必要时可手术切除卵巢囊肿。
1、对于妊娠期合并的卵巢囊肿，若直径小于5厘米，而且检查逐渐缩小，可以考虑是生理性囊肿，不需处理；如果病史和检查高度怀疑为子宫内膜异位囊肿，也可以暂不处理，尤其是好不容易才怀孕的高龄患者，因为妊娠期分泌的大量孕激素会抑制其生长。
2、如果肿物直径超过5厘米，则应在孕16周左右进行腹腔镜手术或剖腹探查，不论是否有扭转等并发症。只有适时地实施手术，才能避免发生并发症，并及时发现恶性情况。通常认为，在妊娠中期手术相对于早孕期诱发流产几率减少，麻醉药物等对胎儿发育的影响也较小。
3、如果肿物质硬，结节性、固定或双侧性，尤其是不能除外是恶性，则不论孕龄长短，均应剖腹手术。如并发有肿瘤扭转、破裂或感染等，或伴有急性腹痛、恶心呕吐，甚至休克，亦需要立即手术。
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